De basisstructuur van VVMV vzw is die van een vzw. De echte kracht schuilt echter in de werkgroepen, die specifieke thema's uitdiepen en uitwerken.
Minstens eenmaal per jaar vindt de algemene vergadering plaats, waar alle wettelijke verplichtingen worden besproken. Wanneer nodig, wordt een bijzondere algemene vergadering samengeroepen.
Het bestuursorgaan van VVMV vzw komt minstens 4 keer per jaar samen, één maal per trimester, en neemt alle beslissingen die nodig zijn voor de goede werking van de vereniging. Ieder effectief lid — elke vliegclub — heeft er zijn stem. Tijdens elke vergadering rapporteert het dagelijks bestuur over de werking van de vereniging. Bij dringende beslissingen komt het bestuursorgaan uiteraard op elk moment samen.
Het dagelijks bestuur voert de opdrachten van het bestuursorgaan uit en komt op regelmatige basis samen. Het geeft leiding aan de verschillende werkgroepen die actief zijn rond onderwerpen die van belang zijn voor de vliegclubs en hun piloten.
Iedere werkgroep heeft een welbepaald werkingsdomein — bv. vliegsport, omgeving, onderwijs & wetenschap, mobiliteit, enz. — en onderhoudt waar nodig relaties met de betrokken Vlaamse ministeries. VVMV vzw streeft ernaar zoveel mogelijk piloten uit de verschillende vliegclubs actief te laten deelnemen. Dankzij het uitwisselen van ervaring, nieuwe sociale contacten en het delen van kennis vormen deze werkgroepen de drijvende kracht binnen VVMV vzw.